Leczenie choroby Hashimoto nie jest problematyczne. Opiera się jak każde inne schorzenie związane z niedoczynnością tarczycy na podaży brakującego w organizmie hormonu – tyroksyny. Niestety jest to najczęściej leczenie trwające całe życie, bo choroba jest przewlekła i nieuleczalna. W tym wypadku zaleca się także dietę ubogą w jod, ponieważ zajęty procesem autoimmunologicznym gruczoł nie radzi sobie z jego przyswajaniem, a zmagazynowany w jego komórkach pierwiastek powiększa jedynie masę i przyczynia się do autodestrukcji komórek. Ponadto nadmiar jodu może zaostrzyć stan chorobowy organu, prowadząc do zmian strukturalnych w jego obrębie. Dzieje się tak najczęściej u osób przyjmujących preparaty z jodem (np. amniodaron przy leczeniu choroby wieńcowej serca) lub interferon (np. podczas leczenia wirusowego zapalenia wątroby typu C lub stwardnienia rozsianego).
Choroba Hashimoto jest chorobą przewlekłą, co oznacza, że trzeba się borykać z nią przez całe życie. Jednak jej szybkie rozpoznanie i prawidłowa diagnostyka dają dobre rokowania, ponieważ schorzenie łatwo poddaje się leczeniu, a sam proces leczenia nie jest kłopotliwy. Przy czym nie ma możliwości na pełny powrót do zdrowia, ponieważ nie można zahamować toczących się w organizmie procesów autoimmunologicznych. Dlatego leczenie przewlekłego limfocytowego zapalenia tarczycy, tak jak i innych postaci niedoczynności tarczycy jest substytucyjne. Opiera się na podaży leku, jakim jest syntetycznie uzyskiwany hormon tarczycy – tyroksyna – w postaci soli sodowej lewoskrętnej tyroksyny. Dawka leku jest ustalana indywidualnie, w zależności od masy ciała pacjenta. Przyjmuje się go codziennie na czczo, mniej więcej pół godziny przed pierwszym posiłkiem, dzięki czemu lek szybko wchłaniany jest z układu pokarmowego.
Początkowo syntetyczną tyroksynę przyjmuje się w dawkach 20–50 µg, stopniowo zwiększając co 2–4 tygodnie aż do uzyskania 75–150 µg, co osiąga się po 3 miesiącach. Taka procedura ma na celu stopniowo przyzwyczajać pacjenta do leku, ponieważ podaż od razu dużej dawki jest bardzo obciążająca dla serca. Stąd u starszych osób zaleca się stosowanie leków nasercowych (ß-blokery, np. propranolol) przy leczeniu niedoczynności tarczycy i podaż jeszcze mniejszych dawek tyroksyny na początku. Leczenie poza tym nie ma na celu maksymalnego wyrównania poziomów hormonów tarczycy, ale ma utrzymać je w granicach normy, w takim stopniu, jak robi to zdrowy organizm. Po 4–6 tygodniach od ustalenia dawki dla danej osoby, określa się stężenie hormonu tyreotropowego. Podobnie należy uczynić w wypadku pojawienia się niepokojących sygnałów ze strony organizmu chorego. Przy zaburzeniach wchłaniania dawki muszą być większe, wówczas jednak należy zachować pełną kontrolę poziomu hormonów. Podobnie jest, jeśli pacjent przyjmuje preparaty pogarszające wchłanianie tyroksyny, należą do nich związki żelaza, preparaty z glinem lub wapniem, niekiedy w takich sytuacjach lek musi być podawany drogą doodbytniczą.
Jod jest jednym z najważniejszych pierwiastków wchodzących w skład hormonów tarczycy, jednak w autoimmunologicznym zapaleniu tarczycy, gruczoł i tak nie potrafi go w pełni wykorzystać. Co więcej nadmiar jodu może być szkodliwy i zaostrzać przebieg schorzenia. Dlatego chorzy cierpiący na chorobę Hashimoto powinni unikać spożywania nadmiernych ilości jodu. Ten, który zawarty jest w żywności naturalnie występującej w naszej szerokości geograficznej, nie jest niebezpieczny, unikać jednak należy częstego jedzenia owoców morza, alg lub wodorostów. Ponadto dobrze jest zrezygnować z dużych ilości ryb morskich i z jodowanej soli, która polecana jest jako zdrowy dodatek do posiłków, ale na terenach bardzo ubogich w ten pierwiastek. Dla zachowania pełni zdrowia poleca się dobrze zbilansowaną dietę z odpowiednią ilością świeżych owoców, warzyw, nabiału i mięsa wysokiej jakości. Pacjenci z niedoczynnością tarczycy powinni mieć monitorowany metabolizm cynku, ze względu na związek tego procesu z prawidłową gospodarka hormonów tarczycy. Poziom cynku w surowicy krwi ma związek z wolem tarczycy, a także poziomem autoprzeciwciał w schorzeniach autoimmunologicznych tego organu. Istotną role odgrywa także mangan, ponieważ wpływa na wydzielanie hormonów tarczycy, kontrolując jej pracę pośrednio przez zmiany w układzie dopaminergicznym.
W związku z częstym występowaniem chorób tarczycy, które mogą manifestować się wolem, lekarze zalecają, by każdy człowiek przeprowadzał, co pewien czas samobadanie szyi. Badanie tarczycy powinno być przeprowadzane rutynowo, tak jak obserwacja piersi, jąder, zmian skórnych, by w porę wychwycić wszelkie nieprawidłowości. Prosta i szybka technika pomagająca ocenić stan gruczołu została opracowana przez Amerykańskie Stowarzyszenie Endokrynologów Klinicznych. Aby ocenić stan własnej tarczycy, należy stanąć przed lustrem i skupić wzrok na dolnej połowie szyi, gruczoł leży między grdyką (jabłkiem Adama) a linią obojczyków. Następnie należy odchylić lekko głowę do tyłu i w tej pozycji wziąć łyk wody. Podczas przełykania trzeba skoncentrować wzrok na tarczycy i ocenić czy pojawiają się w jej okolicach wybrzuszenia lub jest ona asymetryczna. Jeśli dostrzeże się coś niepokojącego, należy udać się do lekarza w celu dokładniejszej diagnostyki.