Zaburzenia hormonalne wynikające z chorób tarczycy często prowadzą do zakłóceń cyklu menstruacyjnego u kobiet, a co za tym idzie utrudniają zajście w ciąże. Niedobór hormonów tarczycowych utrudnia wzrost i dojrzewanie komórki jajowej, a także zagnieżdżenie się zarodka w błonie śluzowej macicy. Szacuje się, że kobiety cierpiące na zapalenie gruczołu tarczowego oparte na autoagresji 3–5 razy częściej ronią podczas pierwszych tygodni ciąży niż ma to miejsce populacyjnie. Jeśli ciąża rozwija się prawidłowo, kobieta musi pozostawać pod opieką nie tylko ginekologa, ale także endokrynologa, a poziom hormonów w jej organizmie powinien być stale monitorowany. W czasie ciąży wyciszona zostaje odpowiedź immunologiczna, dlatego często objawy choroby na ten czas ustępują, by ponownie zaostrzyć się po porodzie. Dzieci rodzone przez matki chore na niedoczynność tarczycy są zdrowe, jeśli choroba jest odpowiednio prowadzona i leczona.
W niewielkim procencie diagnozuje się u ciężarnych kobiet pełnoobjawową chorobę Hashimoto. Symptomami zwracającymi uwagę na toczący się proces chorobowy są senność, uczucie zimna, zaparcia, suchość skóry czy nadmierny przyrost masy ciała – to jednak wskaźniki niecharakterystyczne, ponieważ często występują w czasie ciąży i są uznawane za fizjologiczne. Najczęściej spotyka się subkliniczne postacie schorzenia, które mogą przebiegać w postaci utajonej. Wówczas jedynym markerem świadczącym o procesie chorobowym jest podwyższone stężenie TSH. Wziąwszy jednak pod uwagę wysokie ryzyko poronienia i brak badań przesiewowych w Polsce pod kątem niedoczynności tarczycy u ciężarnych, warto wcześniej wykonać badania kontrolne. W szczególnej grupie ryzyka są osoby cierpiące już na schorzenia autoimmunologiczne, cukrzycę typu 1, chorobę Addisona, stwardnienie rozsiane leczone interferonem, oraz ciężarne, które wcześniej roniły, leczyły się na choroby tarczycy lub w rodzinie mają bliskich chorujących na schorzenia tego gruczołu. Nieleczona lub nieprawidłowo leczona choroba Hashimoto może prowadzić poza poronieniem do przedwczesnego odklejenia łożyska, niedokrwistości lub nadciśnienia indukowanego ciążą.
W czasie pierwszego trymestru płód nie produkuje sam hormonów tarczycy tylko pobiera je przez łożysko z krwioobiegu matki. Ich niedobór w wypadku choroby Hashimoto odbija się negatywnie na rozwoju układu kostnego i nerwowego dziecka. Stąd może prowadzić do niskiej masy urodzeniowej, a także do noworodkowego zespołu zaburzeń oddechowych i zaburzeń rozwoju neuropsychologicznego. Rozpoznane u ciężarnej autoimmunologiczne zapalenie tarczycy należy niezwłocznie poddać leczeniu, przy czym także i w tym wypadku terapia opiera się na podaży soli sodowej lewoskrętnej tyrozyny i eliminacji z diety nadmiernych ilości jodu. Ciężarne muszą przyjmować o 30–50% większe dawki syntetycznego hormonu, bo o tyle wzrasta na niego zapotrzebowanie. Po porodzie porcje leku są zmniejszane.