Rokowania w chorobie Hashimoto są dobre, jeśli zostanie ona wcześnie rozpoznana i wcześnie zostanie wdrożone leczenie. W przeciwnym wypadku może dojść do zaniku gruczołu i poważnych zmian w gospodarce hormonalnej całego organizmu. Jednocześnie jest to choroba przewlekła i nieuleczalna, a farmakoterapia oparta na podaży syntetycznego hormonu musi być prowadzona przez całe życie. Niektórzy badacze zauważają, że limfocytarne zapalenie gruczoły tarczowego może prowadzić do rozwoju nowotworów lub uszkodzenia mózgu, przy czym są to rzadko spotykane przypadki.
Zapalenie tarczycy typu Hashimoto może mieć związek ze zwiększonym ryzykiem rozwoju nowotworu w obrębie gruczołu, zwłaszcza pierwotnym chłoniakiem tarczycy (ang. Primary Thyroid Lymphoma – PTL), który de facto jest bardzo rzadko spotykany. Szacuje się, że połowa osób chorych na chłoniak chorowała na zapalenie typu Hashimoto, a u większości z nich stwierdzono występowanie cech predysponujących do przewlekłego limfocytarnego zapalenia tarczycy. W grupie chorych na zapalenie gruczołu obserwuje się zwiększone ryzyko raka brodawkowatego tarczycy, które u kobiet jest prawie o 30% większe niż w populacyjne. Nie są to jednak wnioski w pełni potwierdzone i wymagają dalszych badań.
W 5. i 6. dekadzie życia u części pacjentów może dojść do encefalopatii (uszkodzenia mózgu), tak w okresach zaburzeń hormonalnych, jak i przy prawidłowej pracy gruczołu tarczowego. Prawie 80% osób z powikłaną w ten sposób chorobą Hashimoto stanowią kobiety. Uszkodzenie mózgu związane jest z zaawansowanym wiekiem i długotrwałym borykaniem się z problemem zdrowotnym, jednakże odnotowano już przypadki encefalopatii u dzieci. Dokładna częstość występowania tego powikłania nie jest znana.